Diante do relatório final da CPI do crime organizado apresentado pelo senador Alessandro Vieira (MDB-SE), o ministro Gilmar Mendes acionou a Procuradoria-Geral da República (PGR) com uma representação contra o senador, acusando-o de abuso de autoridade. A situação relatada envolve o acirramento das tensões entre o Supremo Tribunal Federal (STF) e o Congresso Nacional, principalmente em relação ao indiciamento dos ministros da Corte e do Procurador-Geral da República, supostamente envolvidos na investigação. O STF considerou o relatório como uma "peça política" e uma retaliação por decisões judiciais que limitaram as investigações da comissão. Os ministros consideraram a atitude do relator   "lamentável, injusta e tecnicamente equivocada". O presidente do STF, Edson Fachin, emitiu nota repudiando a proposta, mencionando desvio de finalidade temática da CPI. O relatório pedia o indiciamento dos ministros Gilmar Mendes, Alexandre de Moraes e Dias Toffoli, além do Procurador Geral da República (PGR), Paulo Gonet, por supostos crimes de responsabilidade, mas foi rejeitado pela comissão por 6 votos a 4, o que significa que não seria encaminhado a nenhum órgão de investigação, já que não produziu nenhum efeito institucional.

O problema é que os ministros do STF, em vez de serem apenas juízes, atuam como deuses. No romance que cada sociedade escreve de si mesma, o juiz é apenas um personagem entre os muitos personagens existentes.  Não é um deus nem um profeta ou mago. Se a obra escrita foi bem estruturada, o juiz não deveria sequer ser protagonista.  O pedido de indiciamento feito por Gilmar não tem nenhum sentido, pois o relatório foi rejeitado devido a mobilização do governo para alterar a composição do colegiado e impor o revés ao relator e à oposição. Além disso, atuaram para o desfecho partidos do Centrão e o presidente do Casa, Davi Alcolumbre (União-AP), que se posicionou, publicamente, contra as conclusões da investigação. Após o resultado, Vieira culpou o Palácio do Planalto e citou diretamente o líder do governo no Senado, Jaques Wagner (PT-BA): “Eu disse ao líder do governo Jaques Wagner e reafirmo publicamente que o governo escolheu atravessar a rua pra dar um abraço de afogados aos ministros (do STF). Eu acho que isso vai cobrar um preço significativo depois”. A manifestação do relator foi pelo indiciamento porque os ministros teriam praticado crime de responsabilidade, citando explicitamente o ministro Dias Toffoli, cuja fala teria demonstrado “crime de responsabilidade, pois esse crime não é diferente do crime comum: Ambos são crimes”. Mendes considerou a proposta de indiciamento como uma tentativa de "constrangimento institucional" que "compromete a credibilidade" dos parlamentares. Em mensagens nas redes sociais apontou  o "excesso" e afirmou que a iniciativa pode caracterizar abuso de autoridade. Defendeu, inclusive, a apuração do caso pela Procuradoria-Geral da República.

Para a rejeição do relatório o governo teve de substituir os senadores Sergio Moro (União-PR) e Marcos do Val (Podemos-ES), ambos integrantes do Bloco Parlamentar Democracia (MDB, PSDB, Podemos e União Brasil) e favoráveis ao parecer. Foram substituídos por Beto Faro (PT-PA) e Teresa Leitão (PT-PE), alinhados ao governo. A troca foi fruto de um acordo entre os partidos. A avaliação é que a mudança alterou a correlação de forças e consolidou o cenário que levou ao encerramento da CPI sem deliberação do relatório. Durante a sessão, Vieira subiu o tom nas críticas ao Supremo e rebateu questionamentos sobre o alcance do relatório. Segundo ele, há necessidade de que este Senado ajude a Suprema Corte a superar o que lhe parece um “complexo de Luís XIV. Nós temos ministros que incorporam esse espírito ao entender que críticas à conduta individual se traduzem em ataques à democracia ou à instituição Supremo”. Afirmou ainda que os magistrados devem se submeter a mecanismos de controle e fiscalização, defendendo que o pedido de indiciamento não configura ataque institucional, mas exercício das prerrogativas do Congresso. Não há registro de CPIs anteriores que tenham pedido, em relatório final, o indiciamento de ministros de nossa Suprema Corte. Tradicionalmente, as comissões concentram seus pedidos em parlamentares, integrantes do Executivo, empresários e operadores, sem alcançar a cúpula do Judiciário. O precedente mais próximo desse caso envolve a CPI do Sistema Carcerário, em 2008, que chegou a pedir o indiciamento de juízes estaduais. Após intervenção do próprio STF, o relatório final substituiu o termo relativo ao indiciamento por “responsabilização”. Mas o fato é que o relatório do senador Vieira já havia sido rejeitado; não havia necessidade dessa nova crise se os ministros do nosso Supremo agissem como magistrados, e não como Supremos deuses.